Blenderで分子モデルに自動でマテリアル設定するやつ（molファイルを直接読み込めるよう修正）

前に作ったやつはmolファイルを手作業で整形しなければいけなくてめんどくさかったので、molファイルを直接読み込めるように直しました。 多分動くと思います。動かなかったらすみません。

10行目の mol_file="hogehoge.mol" のところに、読み込みたいmolファイルのパスを指定してください。


#for stick-model

import bpy
import csv
import re

#--------------------------------------------
#読み込むmolファイルを指定する

mol_file="hogehoge.mol"

#----------------------------------------------------------

#delete all materials and material_slots
# あらかじめマテリアルとマテリアルスロットを全部消す
# これを入れないと実行するたびにマテリアルが増殖する

for mats in bpy.data.materials:
    bpy.data.materials.remove(mats)
for o in range(len(bpy.data.objects)):
    bpy.context.view_layer.objects.active = bpy.data.objects[o]
    for ms in range(len(bpy.data.objects[o].material_slots)):
        bpy.ops.object.material_slot_remove(ms)
        
bpy.context.view_layer.objects.active = None

#----------------------------------------------------------

# 貼り付けるマテリアルを設定しておく
# どれにも該当しない場合はmaのマテリアルが割り当てられる

# makematerial("名前", 色(RGBA), 発光(省略可))
# 作ったらmlistとmdictの末尾に付け加える

def make_material(name, color, emit = 1):
  ma = bpy.data.materials.new(name)
  ma.use_nodes = True
  bsdf = ma.node_tree.nodes["Principled BSDF"]
  bsdf.inputs[0].default_value = color
  bsdf.inputs[4].default_value = 0.2
  bsdf.inputs[7].default_value = 0.3
  bsdf.inputs[18].default_value = emit
  ma.diffuse_color = color
  return ma

ma = make_material("Others",(0.9,0.9,0.9,1))
mc = make_material("Carbon",(0,0,0,1))
mh = make_material("Hydrogen",(0.2,0.5,0.9,1))
mn = make_material("Nitrogen",(0,0.05,0.95,1))
mo = make_material("Oxygen",(1,0.05,0.05,1))
mb = make_material("Boron",(0.05,0.75,0.05,1))
mf = make_material("Fluorine",(0.5,0.95,0.5,1))
mcl = make_material("Chlorine",(0.3,1,0.1,1))
mbr = make_material("Bromine",(0.5,0.15,0.1,1))
mi = make_material("Iodine",(0.4,0.1,0.7,1))
mp = make_material("Phosphorus",(1,0.4,0.7,1))
ms = make_material("Sulfur",(1,0.9,0,1))

mlist = [ma, mc, mh, mn, mo, mb, mf, mcl, mbr, mi, mp, ms]
mdict = {'C' : 1, 'H': 2, 'N': 3, 'O': 4, 'B': 5, 'F': 6, 'Cl': 7, 'Br': 8, 'I': 9, 'P': 10, 'S': 11}

#----------------------------------------------------------

# molファイルから、3Dモデルのマテリアルに対応する原子を読み込む----------

#molファイルをテキストとして開いて、行ごとにリストrlmに格納
with open(mol_file, 'r') as fm:
    rlm = fm.readlines()

#データのヘッダを探し、その行番号を記録する
#１つ目と２つ目の要素がそれぞれ原子数と結合数を表しているので、それらを記録する
for l in rlm:
    rlmhead=re.search('[0-9]+ +[0-9]+ + [0-9 ]+(V2000)',l)
    if not rlmhead is None:

        headnum=rlm.index(l)
        abnum=re.search('[0-9]+ [0-9]+', rlmhead.group()).group()
        atomnum=int(abnum.split()[0])
        bondnum=int(abnum.split()[1])
        
        break
    elif rlm.index(l)==len(rlm)-1:
        print("ERROR:FILE FORMAT UNAVAILABLE")

#ヘッダ行の次の行から原子数分の行を読み込み、元素記号をリストに格納する
atomlist=[]
for al in range(headnum+1,headnum+1+atomnum):
    at = re.search('[a-zA-Z]+',rlm[al])
    atomlist.append(at.group())

print("Atoms: ",atomlist,"\n")

#molファイル上の原子のブロックの次が結合のブロックになるので、結合数分だけ読み込む
#1番目の要素と２番目の要素は原子の番号を表しており、どの原子とどの原子が結合しているかを示している
#blender上で結合部分を結合している原子のマテリアルと合わせるために、結合している原子の元素記号を記録する
bondlist = []
for bl in range(headnum+1+atomnum,headnum+1+atomnum+bondnum):
    bntmp = re.finditer('\d+',rlm[bl])
    tmp1=int(next(bntmp).group())-1
    tmp2=int(next(bntmp).group())-1
    bondlist.append(atomlist[tmp1])
    bondlist.append(atomlist[tmp2])
print("Bonds: ", bondlist,"\n")

# オブジェクト番号と対応した並びの原子（マテリアル）リストを作る
# これをもとにマテリアルを割り当てていく

alllist=[]
alllist = bondlist + atomlist
print("Set Materials in this order:", alllist, "\n")

#--------------------------------------------------------------------------

# set materials ----------------------

# マテリアルを割り当てる

cnt=0
for o in range(len(bpy.data.objects)):
    if bpy.data.objects[o].type == "MESH" :  

        if mdict.get(alllist[cnt]) == None:
            matmp = ma
        else:
            matmp = mlist[mdict.get(alllist[cnt])]

        bpy.data.objects[o].data.materials.append(matmp)
        for m in bpy.data.objects[o].material_slots:
            m.material = matmp
        cnt += 1

関連記事

Blenderで読み込んだ分子モデルにマテリアルを自動設定したかった

パワポに直接挿入可能な3D分子モデルを作る

Blenderで芳香環に面を張るやつ

コメント

コメントを投稿

このブログの人気の投稿

ブルアカで学ぶ韓国語#1_生徒名のハングル表記

イメージ
記事作成の経緯 ・Twitterに韓国語のイラストがたくさん流れてくるので韓国語を勉強し始めることにした ・勉強したことの記録をどこかに残したくなった どうせ勉強するならこういうのを題材にした方がモチベ上がるよねのスタンスです 初学者のメモなので内容の正確性はあんまりアテにしないでください。 間違いがあれば教えていただけると嬉しいです。 ** ハングルの構造はわかりやすくて、母音と子音から構成されています。 例えばこんな感じ↓　赤色が母音、青色が子音です。 日本語五十音すべてのハングル表記は割愛しますが、 参考のために何人か生徒名を例示します。 ユウカ： 유우카 ヤ行は母音字を用い、 야 , 유 , 요 で表記されます。 子音の後に付けると拗音になります。 ワカモ： 와카모 「ワ」は 와 と表記されます。 スズミ： 스즈미 シュン： 슌 ジュンコ： 준코 「ス」「ズ」の母音は 으 が用いられます（ 우 でない）。 「ス」「シュ」は  스 ,  슈  と区別されます。 「ズ」「ジュ」は  즈 ,  주 と区別されます（ 쥬 でない）。 「～ン」は ㄴ が前の字に組み合わされます。 チナツ： 치나츠 「チ」「ツ」には ㅊ が用いられます。 「ツ」「チュ」は 츠 , 추 と区別されます。 マリー： 마리 長音は表記されません。 フィーナ： 피나 「フィ」「ピ」はともに 피 と表記されます。 フウカ： 후우카 アルファベットの f は ㅍ  を用いますが, 仮名の「フ」は 후 で表記します。 なお、「先生」は  선생님 です。 生徒名のハングル表記を覚えるとTwitterの検索が捗るのでアドです。 本記事の内容は以上になります。
続きを読む

パワポに直接挿入可能な3D分子モデルを作る

イメージ
こういうのを作ります。 この3Dモデルはパワポ内で任意に動かしたりアニメーション機能を利用することが可能です。（デフォルトで入っているティラノサウルスの3Dモデルが有名ですね） 大まかな流れとしては ---------------------------------------------- 1. molファイルを作成 2. Avogadroでwrlファイルを出力 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 4. パワポに挿入 ---------------------------------------------- となります。以下、具体的に流れを説明します。 1.molファイル作成 適当に作ってください。 今回はchemsketchでtolueneを作りました。 2. Avogadroでwrlファイルを出力 作成したmolファイルをAvogadroで開きます。 Stick や Ball & Stick など、お好みの描画方法を選択してください。 今回はStickを選択しました。 （また、必要であればこのとき3次元構造を最適化してください） File > Export > VRML を選択し、wrlファイルを出力してください。 このとき3Dモデルの大きさを  Scale 欄で調整可能です。 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 先ほど出力したwrlファイルをblenderにインポートします。 ファイル > インポート > X3D Extensible 3D(.x3d/.wrl) このとき、マテリアルは未設定なので灰色のモデルが表示されます。 （2022/5/15追記）以下のマテリアル設定の操作を簡略化するスクリプトを作ってみました。→ https://sanasnote.blogspot.com/2022/05/blender.html 適当なオブジェクトを選択し、マテリアルタブをクリックしてマテリアルを作成・設定します。 まずひとつのオブジェクトに対してマテリアルを作成・設定します。ここでは炭素原子です。 プリンシブルBSDF 以外を選ぶとパワポ上でマテリアルが反映されない場合があるので注意してください。 （わたしはここで行き詰まって数日を溶かしました） 次に、同一のマテリ
続きを読む

ブルアカで学ぶ韓国語#2_가자/用言の活用

たまに「ﾌﾄｽﾄ」という文字列を見かけることがありますが。 韓国語の「가자（行こう）」が元ということは周知のことかと思います。 「가자」は動詞「가다（行く）」の語尾に「～しよう」を意味する「자」がついたものです。 韓国語の動詞や形容詞などといった用言の基本形は「가다」「먹다（食べる）」「귀엽다（かわいい）」などのように「～다」の形で表されます。 用言の基本形から다を除いたものを語幹と呼び、語幹に語尾を付けることで活用します。 このあたりは日本語と同様です。 以下にいくつか例を示します。 가요 ：行きます・・・가다 + 아요（します） ここでは아が縮約されています。 갑시다 ：行きましょう・・・가다 + ㅂ시다（しましょう） 韓国語には「丁寧な言い方」と「ぞんざいな言い方」の区別があります。 가자がぞんざいな勧誘であるのに対し、갑시다は丁寧な勧誘の表現です。 갔습니다 ：行きました・・・가다 ＋ 았습니다（しました） ここでも아が縮約されています。 語幹と語尾の接続の仕方には3種類あります。 ・아/어形 上記の아요, 았습니다はこの形です。 가다は母音語幹で아が重複するために縮約されています。 子音語幹の場合、例えば 좋다（良い）→ 좋 아요 （良いです） 먹다（食べる）→ 먹 어요 （食べます） のように活用します。 ・으形 으니까（～だから）, 으세요（してください）などがこの形です。 母音語幹の場合は으が省略されます。 가다 → 가 세요 子音語幹の場合は으が挿入されます。 읽다（読む）→ 읽 으세요 （読んでください） ・そのまま 고 싶다（～したい）などがこの形です。 母音語幹、子音語幹に関わらず語幹がそのまま接続します。 가다 → 가 고 싶다 먹다 → 먹 고 싶다 全然ブルアカの話ではなくなってしまったので次から頑張ります。
続きを読む