RDKitの導入に苦労した話

pythonで化学構造を扱うのにRDKitという便利なライブラリがあると聞いたので入れてみようと思ったのですが、導入に何度もつまずいたので備忘録としてつまずきポイントをメモしておきます。雰囲気で使っているので頓珍漢なこと書いてると思いますがゆるして

 つまずきポイント：

1.RDKitはpipで入れられない 

2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合 

3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー 

4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない

以下少し詳細に書きます。

1.RDKitはpipで入れられない 

condaを使うと導入が便利らしいので、何も考えずにAnacondaを入れることにしました。

2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合 

Anacondaをインストールしたものの、スタートメニューにアイコンが表示されませんでした。

pythonが元から入っている場合にインストールに失敗することがあるようなので、元から入っていたpythonをアンインストールしてAnacondaを再インストールしました。

その結果、正常にインストールできました。

しかし、Anaconda Prompt を起動すると参照先のpythonが使用できないというエラーが表示されました。

3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー 

環境変数を確認すると、pythonに関連する指定先に"" (※ダブルクォーテーション)が混入しており、正常に参照できていないことがわかりました。

こいつを消すとエラーも消えました。

それではRDKitをインストールします。

condaで仮想環境 my-rdkit-env を作ってそこにインストールします。

インストールが完了したら統合開発環境のSpyderを開いてサンプルコードを適当に実行してみます・・・ここでno moduleとエラーが出ます。

4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない

Spyderはbase環境下で実行されているため、my-rdkit-env 内のRDKitを認識しません。

my-rdkit-env環境内に別途Spyderをインストールする必要があるようです。

anaconda prompt上でmy-rdkit-envをactivateし、Spyderをインストールしました。

promptから直接Spyderを起動し、無事にサンプルコードが走りました。

またなんか変なことが起きたら追記します。

この記事の内容は以上です。