さなの自由帳

研究室にいた頃には毎日いろんな溶媒を嗅いでいたけれど、卒業してからはそんな機会もなくなって、記憶が薄れてきてしまいました 記憶がなくなる前に、どんな匂いだったかなっていうのを書き留めておこうというものです クロロホルム 甘くてもったりしたにおい。 蒸気が重い感じがして、鼻から入ると口の方へと落ちてくるような感覚がある。 アセトン 鼻の奥の方をつつくような爽やかな刺激臭。 大量に嗅ぐとうっ！となる エタノール 酒。消毒液。 メタノール においは弱く、ほのかに果実の風味がある。 あまり刺激はない。 ヘキサン 油って感じのにおい。 ガソリンから不快な臭みを消した感じ。 酢酸エチル 強烈な果実臭。爽やかな甘みを濃縮して不快にした油。 トルエン The・溶剤って感じの甘みとえぐみを併せ持った悪臭。 ジエチルエーテル どこか懐かしさを感じさせるような苦い香り。 嗅ぎすぎるとしっかり気持ち悪くなる。 ジクロロメタン クロロホルムとアセトンの要素を合わせた感じ。 すごい勢いで鼻を刺激してくる。 テトラクロロエタン ハロゲン系ではあるんだけど苦みの強い嫌な臭い。 飛ばないから付着するとなかなかとれない。 o -DCB （オルトジクロロベンゼン） 体に悪そうな甘ったるいにおい。 これも飛ばないから付着するとなかなか取れない。 CPME エーテルの苦みをもちつつ、果実臭のする比較的穏やかな臭い。 THF 揮発性の高いエーテル。油断すると鼻をつんざいてくる。 ジオキサン エーテル要素をかすかに感じるものの、マイルドで優しいにおい。 研究室で扱ってきた中では最も心地よいにおい。 体には悪い。 DMF （ジメチルホルムアミド） アミン臭（いわゆる魚の腐ったにおい）代表。 トリエチルアミン アミンの腐敗臭にアセトンの刺激臭を加えたにおい。 DMSO （ジメチルスルホキシド） 濃縮した磯の香りにえげつないえぐみをトッピング。 嗅ぐと鼻の奥まで下りてきて出ていかず、喉と鼻の間あたりにえぐみが残り続ける。 悪臭はDMSOそれ自体ではなく分解物のにおいらしい。 ピリジン 悪臭。 アミンの腐敗臭とアセトンの刺激臭とDMSOのえぐみを全部足した感じ。 研究室で扱ってきた中では最も嫌な臭い。 ほかにもいくつか使ったけれど覚えていない。 アセニトとかどんなにおいだったっけ。 水が無臭で良かったと、つくづく思わさ...

福井市には「足羽中学校」と「足羽第一中学校」という 2 つの中学校があります。 この 2 校は隣接した地区にあるのですが、なにしろ名前が紛らわしく、互いに間違えられることもしばしばです。 しかしそもそも、なんでこんな紛らわしい名前になってるんだ？という話です。  創立はいずれも同時期で、周辺の村の中学校を統合する形で設立されています [1] 。 昭和 24 年 2 月　酒生、上文殊、下文殊、六条 4 村の組合立として足羽第一中学校を設立 昭和 24 年 3 月　麻生津、下文殊、六条 3 村の組合立として足羽中学校を設立 いちおう足羽中の方がちょっと後にできているのですが、ではなおのこと足羽第二中でよかったのでは？ 生徒の間では「当時の校長が第二は嫌だってごねたらしい」なんてまことしやかに噂されていたものですが、なるほどありそうななさそうな・・・   実際のところどうなんだ？と思い、図書館で資料に当たってみることにしました。   まず福井市教育五十年史 [1] という資料にあたってみたところ、足羽第一中学校の項にこの2つの校名についての記述がありました。 ・・・ここに紛らわしい校名を冠した二校が隣接し世人を大いに惑わすことになり現在に至っている。その間の事情を足羽町史（昭和51年刊）は以下のように伝えている。・・・ 足羽町史 [2] から該当部分を引用します。 足羽中学校と足羽第一中学校の創設については、下文殊村と六条村とが、それぞれ二学区に分れるようになるのでいろんな問題が生じた。下文殊村の、大土呂、半田、太田、二上、新開の五部落は足羽中学校へ、上細江、下細江、上河北、下河北の四部落は足羽第一中学校へ、六条村の江端、大町、別所、大島、上荒井の五部落は、足羽中学校へ、上莇生田、上六条、天王、小稲津の六部落は足羽第一中学校へと、両村がおおよそ半分ずつに分かれることになったのである。 それだけに、両校創設にあたった人々の対立意識は、まことに深刻を極めた。校名が紛らわしいということは、その間の事情をあきらかに物語っている。 両校とも足羽という名に固執し、さきに東部を中心としたブロックが『足羽第一中学校』と命名した。 われこそ足羽第一の中学校であるという考えからであったのであろう。さきに自分が『足羽第一中学校』を名のれば...

Blenderには立体視用の画像を出力できる機能がついているらしい 立体的な特徴のある分子に使ったら面白いのでは？と思ってやってみたというメモです   手元にあったCPPのファイルを開いて、 出力プロパティの 立体視 にチェックを入れて、 画像をレンダリングして、 保存画面のオプションで好きな方式を選択するだけ （サイドバイサイドは2枚の画像を並べて寄り目で見るやつ） するとこんな感じで出力されるので、あとは寄り目で頑張ると立体に見えて楽しい この記事の内容は以上です。

 こんなやつです。 手作業でやると思いのほかめんどくさかったので、少し楽にしようとしました。 方針としては、 ・手作業で原子を選択する ・選択されている原子の中心座標を頂点として面を生成する ・ついでにマテリアルも設定しておく という感じです。 以下スクリプトです。 import bpy name = "plane" color = (0,0.7,0.95,1) emit = 15 ma = bpy.data.materials.new(name) ma.use_nodes = True bsdf = ma.node_tree.nodes["Principled BSDF"] bsdf.inputs[0].default_value = color bsdf.inputs[4].default_value = 0.2 bsdf.inputs[7].default_value = 0.3 bsdf.inputs[18].default_value = emit ma.diffuse_color = color if(len(bpy.context.selected_objects))>2: verts=[] face=[] idx=0 for o in bpy.context.selected_objects: verts.append(o.location) face.append(idx) idx+=1 o.select_set(False) faces=[face] mesh = bpy.data.meshes.new(name) obj = bpy.data.objects.new(name,mesh) bpy.context.collection.objects.link(obj) mesh.from_pydata(verts,[],faces) mesh.update bpy.context.view_layer.objects.active = obj bpy.ops.object.mode_set(mode...

23.9.14追記 修正版作りました。 molファイルを編集することなく、そのまま読み込めるようにしてあります。 https://sanasnote.blogspot.com/2023/09/blendermol.html 以前こんな投稿をしました。 →  http://sanasnote.blogspot.com/2021/07/3d.html Avogadroでmolファイルを3Dモデルに変換してBlenderに読み込んで、なんやかんや着色したりパワポに貼ったりするという内容です。 マテリアルをひとつひとつ選択して設定しなきゃいけないので、分子量が大きかったり構造が混み入ってたりすると苦行になります。 というわけで、なんかいい感じに自動設定してくれるスクリプト作れないかな？と思ってやってみたのがこの記事です。 結論から言うと、最低限動くことは動く、という感じです。 具体的な方針としては、 1. molファイルを原子部分と結合部分の情報にそれぞれ分割して保存する 2. pythonでtxtファイルを読み込み、原子と結合それぞれの原子種リストを作る ※Blenderに読み込んだ時のオブジェクトの並びは、元のmolファイル中の原子の順番に対応しています 3. リストに従ってマテリアルをひとつずつ割り当てていく 以下スクリプトです。 （Stickモデル用です。CPKモデル用は ページ末尾 に貼っておきます。） #for stick-model import bpy import csv import re #-------------------------------------------- # molファイルから作成した原子の情報と結合の情報が入ったtxtファイルを指定する atom_file="C:/＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊.txt" bond_file="C:/＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊.txt" #---------------------------------------------------------- # delete all materials and material_slots # あらかじめマテリアルとマテリアル...

pythonで化学構造を扱うのにRDKitという便利なライブラリがあると聞いたので入れてみようと思ったのですが、導入に何度もつまずいたので備忘録としてつまずきポイントをメモしておきます。 雰囲気で使っているので頓珍漢なこと書いてると思いますがゆるして  つまずきポイント： 1.RDKitはpipで入れられない  2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない 以下少し詳細に書きます。 1.RDKitはpipで入れられない  condaを使うと導入が便利らしいので、何も考えずにAnacondaを入れることにしました。 2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  Anacondaをインストールしたものの、スタートメニューにアイコンが表示されませんでした。 pythonが元から入っている場合にインストールに失敗することがあるようなので、元から入っていたpythonをアンインストールしてAnacondaを再インストールしました。 その結果、正常にインストールできました。 しかし、Anaconda Prompt を起動すると参照先のpythonが使用できないというエラーが表示されました。 3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  環境変数を確認すると、pythonに関連する指定先に"" (※ダブルクォーテーション)が混入しており、正常に参照できていないことがわかりました。 こいつを消すとエラーも消えました。 それではRDKitをインストールします。 condaで仮想環境 my-rdkit-env を作ってそこにインストールします。 インストールが完了したら統合開発環境のSpyderを開いてサンプルコードを適当に実行してみます・・・ここでno moduleとエラーが出ます。 4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない Spyderはbase環境下で実行されているため、my-rdkit-env 内のRDKitを認識しません。 my-rdkit-env環境内に別途Spyderをインストールする必要があるようです。 anaconda prompt上でmy-rdkit-envをa...

こういうのを作ります。 この3Dモデルはパワポ内で任意に動かしたりアニメーション機能を利用することが可能です。（デフォルトで入っているティラノサウルスの3Dモデルが有名ですね） 大まかな流れとしては ---------------------------------------------- 1. molファイルを作成 2. Avogadroでwrlファイルを出力 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 4. パワポに挿入 ---------------------------------------------- となります。以下、具体的に流れを説明します。 1.molファイル作成 適当に作ってください。 今回はchemsketchでtolueneを作りました。 2. Avogadroでwrlファイルを出力 作成したmolファイルをAvogadroで開きます。 Stick や Ball & Stick など、お好みの描画方法を選択してください。 今回はStickを選択しました。 （また、必要であればこのとき3次元構造を最適化してください） File > Export > VRML を選択し、wrlファイルを出力してください。 このとき3Dモデルの大きさを  Scale 欄で調整可能です。 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 先ほど出力したwrlファイルをblenderにインポートします。 ファイル > インポート > X3D Extensible 3D(.x3d/.wrl) このとき、マテリアルは未設定なので灰色のモデルが表示されます。 （2022/5/15追記）以下のマテリアル設定の操作を簡略化するスクリプトを作ってみました。→ https://sanasnote.blogspot.com/2022/05/blender.html 適当なオブジェクトを選択し、マテリアルタブをクリックしてマテリアルを作成・設定します。 まずひとつのオブジェクトに対してマテリアルを作成・設定します。ここでは炭素原子です。 プリンシブルBSDF 以外を選ぶとパワポ上でマテリアルが反映されない場合があるので注意してください。 （わたしはここで行き詰まって数日を溶かしました） 次に、同一...