投稿テスト

見聞きした面白そうなこと、感動したことなど雑多なことをまとめて保管できるところがほしくて作ってみました。適当に更新していけたら良いな

コメント

コメントを投稿

このブログの人気の投稿

RDKitの導入に苦労した話

pythonで化学構造を扱うのにRDKitという便利なライブラリがあると聞いたので入れてみようと思ったのですが、導入に何度もつまずいたので備忘録としてつまずきポイントをメモしておきます。 雰囲気で使っているので頓珍漢なこと書いてると思いますがゆるして  つまずきポイント： 1.RDKitはpipで入れられない  2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない 以下少し詳細に書きます。 1.RDKitはpipで入れられない  condaを使うと導入が便利らしいので、何も考えずにAnacondaを入れることにしました。 2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  Anacondaをインストールしたものの、スタートメニューにアイコンが表示されませんでした。 pythonが元から入っている場合にインストールに失敗することがあるようなので、元から入っていたpythonをアンインストールしてAnacondaを再インストールしました。 その結果、正常にインストールできました。 しかし、Anaconda Prompt を起動すると参照先のpythonが使用できないというエラーが表示されました。 3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  環境変数を確認すると、pythonに関連する指定先に"" (※ダブルクォーテーション)が混入しており、正常に参照できていないことがわかりました。 こいつを消すとエラーも消えました。 それではRDKitをインストールします。 condaで仮想環境 my-rdkit-env を作ってそこにインストールします。 インストールが完了したら統合開発環境のSpyderを開いてサンプルコードを適当に実行してみます・・・ここでno moduleとエラーが出ます。 4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない Spyderはbase環境下で実行されているため、my-rdkit-env 内のRDKitを認識しません。 my-rdkit-env環境内に別途Spyderをインストールする必要があるようです。 anaconda prompt上でmy-rdkit-envをa...
続きを読む

パワポに直接挿入可能な3D分子モデルを作る

イメージ
こういうのを作ります。 この3Dモデルはパワポ内で任意に動かしたりアニメーション機能を利用することが可能です。（デフォルトで入っているティラノサウルスの3Dモデルが有名ですね） 大まかな流れとしては ---------------------------------------------- 1. molファイルを作成 2. Avogadroでwrlファイルを出力 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 4. パワポに挿入 ---------------------------------------------- となります。以下、具体的に流れを説明します。 1.molファイル作成 適当に作ってください。 今回はchemsketchでtolueneを作りました。 2. Avogadroでwrlファイルを出力 作成したmolファイルをAvogadroで開きます。 Stick や Ball & Stick など、お好みの描画方法を選択してください。 今回はStickを選択しました。 （また、必要であればこのとき3次元構造を最適化してください） File > Export > VRML を選択し、wrlファイルを出力してください。 このとき3Dモデルの大きさを  Scale 欄で調整可能です。 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 先ほど出力したwrlファイルをblenderにインポートします。 ファイル > インポート > X3D Extensible 3D(.x3d/.wrl) このとき、マテリアルは未設定なので灰色のモデルが表示されます。 （2022/5/15追記）以下のマテリアル設定の操作を簡略化するスクリプトを作ってみました。→ https://sanasnote.blogspot.com/2022/05/blender.html 適当なオブジェクトを選択し、マテリアルタブをクリックしてマテリアルを作成・設定します。 まずひとつのオブジェクトに対してマテリアルを作成・設定します。ここでは炭素原子です。 プリンシブルBSDF 以外を選ぶとパワポ上でマテリアルが反映されない場合があるので注意してください。 （わたしはここで行き詰まって数日を溶かしました） 次に、同一...
続きを読む

Blenderで読み込んだ分子モデルにマテリアルを自動設定したかった

イメージ
23.9.14追記 修正版作りました。 molファイルを編集することなく、そのまま読み込めるようにしてあります。 https://sanasnote.blogspot.com/2023/09/blendermol.html 以前こんな投稿をしました。 →  http://sanasnote.blogspot.com/2021/07/3d.html Avogadroでmolファイルを3Dモデルに変換してBlenderに読み込んで、なんやかんや着色したりパワポに貼ったりするという内容です。 マテリアルをひとつひとつ選択して設定しなきゃいけないので、分子量が大きかったり構造が混み入ってたりすると苦行になります。 というわけで、なんかいい感じに自動設定してくれるスクリプト作れないかな？と思ってやってみたのがこの記事です。 結論から言うと、最低限動くことは動く、という感じです。 具体的な方針としては、 1. molファイルを原子部分と結合部分の情報にそれぞれ分割して保存する 2. pythonでtxtファイルを読み込み、原子と結合それぞれの原子種リストを作る ※Blenderに読み込んだ時のオブジェクトの並びは、元のmolファイル中の原子の順番に対応しています 3. リストに従ってマテリアルをひとつずつ割り当てていく 以下スクリプトです。 （Stickモデル用です。CPKモデル用は ページ末尾 に貼っておきます。） #for stick-model import bpy import csv import re #-------------------------------------------- # molファイルから作成した原子の情報と結合の情報が入ったtxtファイルを指定する atom_file="C:/＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊.txt" bond_file="C:/＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊.txt" #---------------------------------------------------------- # delete all materials and material_slots # あらかじめマテリアルとマテリアル...
続きを読む