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見聞きした面白そうなこと、感動したことなど雑多なことをまとめて保管できるところがほしくて作ってみました。適当に更新していけたら良いな

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パワポに直接挿入可能な3D分子モデルを作る

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こういうのを作ります。 この3Dモデルはパワポ内で任意に動かしたりアニメーション機能を利用することが可能です。（デフォルトで入っているティラノサウルスの3Dモデルが有名ですね） 大まかな流れとしては ---------------------------------------------- 1. molファイルを作成 2. Avogadroでwrlファイルを出力 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 4. パワポに挿入 ---------------------------------------------- となります。以下、具体的に流れを説明します。 1.molファイル作成 適当に作ってください。 今回はchemsketchでtolueneを作りました。 2. Avogadroでwrlファイルを出力 作成したmolファイルをAvogadroで開きます。 Stick や Ball & Stick など、お好みの描画方法を選択してください。 今回はStickを選択しました。 （また、必要であればこのとき3次元構造を最適化してください） File > Export > VRML を選択し、wrlファイルを出力してください。 このとき3Dモデルの大きさを  Scale 欄で調整可能です。 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 先ほど出力したwrlファイルをblenderにインポートします。 ファイル > インポート > X3D Extensible 3D(.x3d/.wrl) このとき、マテリアルは未設定なので灰色のモデルが表示されます。 （2022/5/15追記）以下のマテリアル設定の操作を簡略化するスクリプトを作ってみました。→ https://sanasnote.blogspot.com/2022/05/blender.html 適当なオブジェクトを選択し、マテリアルタブをクリックしてマテリアルを作成・設定します。 まずひとつのオブジェクトに対してマテリアルを作成・設定します。ここでは炭素原子です。 プリンシブルBSDF 以外を選ぶとパワポ上でマテリアルが反映されない場合があるので注意してください。 （わたしはここで行き詰まって数日を溶かしました） 次に、同一...
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RDKitの導入に苦労した話

pythonで化学構造を扱うのにRDKitという便利なライブラリがあると聞いたので入れてみようと思ったのですが、導入に何度もつまずいたので備忘録としてつまずきポイントをメモしておきます。 雰囲気で使っているので頓珍漢なこと書いてると思いますがゆるして  つまずきポイント： 1.RDKitはpipで入れられない  2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない 以下少し詳細に書きます。 1.RDKitはpipで入れられない  condaを使うと導入が便利らしいので、何も考えずにAnacondaを入れることにしました。 2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  Anacondaをインストールしたものの、スタートメニューにアイコンが表示されませんでした。 pythonが元から入っている場合にインストールに失敗することがあるようなので、元から入っていたpythonをアンインストールしてAnacondaを再インストールしました。 その結果、正常にインストールできました。 しかし、Anaconda Prompt を起動すると参照先のpythonが使用できないというエラーが表示されました。 3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  環境変数を確認すると、pythonに関連する指定先に"" (※ダブルクォーテーション)が混入しており、正常に参照できていないことがわかりました。 こいつを消すとエラーも消えました。 それではRDKitをインストールします。 condaで仮想環境 my-rdkit-env を作ってそこにインストールします。 インストールが完了したら統合開発環境のSpyderを開いてサンプルコードを適当に実行してみます・・・ここでno moduleとエラーが出ます。 4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない Spyderはbase環境下で実行されているため、my-rdkit-env 内のRDKitを認識しません。 my-rdkit-env環境内に別途Spyderをインストールする必要があるようです。 anaconda prompt上でmy-rdkit-envをa...
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Blenderで分子モデルに自動でマテリアル設定するやつ（molファイルを直接読み込めるよう修正）

前に作ったやつ はmolファイルを手作業で整形しなければいけなくてめんどくさかったので、molファイルを直接読み込めるように直しました。 多分動くと思います。動かなかったらすみません。 10行目の mol_file="hogehoge.mol" のところに、読み込みたいmolファイルのパスを指定してください。 #for stick-model import bpy import csv import re #-------------------------------------------- #読み込むmolファイルを指定する mol_file="hogehoge.mol" #---------------------------------------------------------- #delete all materials and material_slots # あらかじめマテリアルとマテリアルスロットを全部消す # これを入れないと実行するたびにマテリアルが増殖する for mats in bpy.data.materials: bpy.data.materials.remove(mats) for o in range(len(bpy.data.objects)): bpy.context.view_layer.objects.active = bpy.data.objects[o] for ms in range(len(bpy.data.objects[o].material_slots)): bpy.ops.object.material_slot_remove(ms) bpy.context.view_layer.objects.active = None #---------------------------------------------------------- # 貼り付けるマテリアルを設定しておく # どれにも該当しない場合はmaのマテリアルが割り当てられる # makematerial("名前", 色(RGBA), 発光(省略可)) # 作ったらmlistとmd...
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