さなの自由帳

pythonで化学構造を扱うのにRDKitという便利なライブラリがあると聞いたので入れてみようと思ったのですが、導入に何度もつまずいたので備忘録としてつまずきポイントをメモしておきます。 雰囲気で使っているので頓珍漢なこと書いてると思いますがゆるして  つまずきポイント： 1.RDKitはpipで入れられない  2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない 以下少し詳細に書きます。 1.RDKitはpipで入れられない  condaを使うと導入が便利らしいので、何も考えずにAnacondaを入れることにしました。 2.Anacondaが元から入ってたpythonと競合  Anacondaをインストールしたものの、スタートメニューにアイコンが表示されませんでした。 pythonが元から入っている場合にインストールに失敗することがあるようなので、元から入っていたpythonをアンインストールしてAnacondaを再インストールしました。 その結果、正常にインストールできました。 しかし、Anaconda Prompt を起動すると参照先のpythonが使用できないというエラーが表示されました。 3.環境変数の参照先に""が入っていてエラー  環境変数を確認すると、pythonに関連する指定先に"" (※ダブルクォーテーション)が混入しており、正常に参照できていないことがわかりました。 こいつを消すとエラーも消えました。 それではRDKitをインストールします。 condaで仮想環境 my-rdkit-env を作ってそこにインストールします。 インストールが完了したら統合開発環境のSpyderを開いてサンプルコードを適当に実行してみます・・・ここでno moduleとエラーが出ます。 4.仮想環境内のRDKitをSpyderが認識しない Spyderはbase環境下で実行されているため、my-rdkit-env 内のRDKitを認識しません。 my-rdkit-env環境内に別途Spyderをインストールする必要があるようです。 anaconda prompt上でmy-rdkit-envをa...

こういうのを作ります。 この3Dモデルはパワポ内で任意に動かしたりアニメーション機能を利用することが可能です。（デフォルトで入っているティラノサウルスの3Dモデルが有名ですね） 大まかな流れとしては ---------------------------------------------- 1. molファイルを作成 2. Avogadroでwrlファイルを出力 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 4. パワポに挿入 ---------------------------------------------- となります。以下、具体的に流れを説明します。 1.molファイル作成 適当に作ってください。 今回はchemsketchでtolueneを作りました。 2. Avogadroでwrlファイルを出力 作成したmolファイルをAvogadroで開きます。 Stick や Ball & Stick など、お好みの描画方法を選択してください。 今回はStickを選択しました。 （また、必要であればこのとき3次元構造を最適化してください） File > Export > VRML を選択し、wrlファイルを出力してください。 このとき3Dモデルの大きさを  Scale 欄で調整可能です。 3. Blenderでマテリアルを設定しfbxファイルを出力 先ほど出力したwrlファイルをblenderにインポートします。 ファイル > インポート > X3D Extensible 3D(.x3d/.wrl) このとき、マテリアルは未設定なので灰色のモデルが表示されます。 （2022/5/15追記）以下のマテリアル設定の操作を簡略化するスクリプトを作ってみました。→ https://sanasnote.blogspot.com/2022/05/blender.html 適当なオブジェクトを選択し、マテリアルタブをクリックしてマテリアルを作成・設定します。 まずひとつのオブジェクトに対してマテリアルを作成・設定します。ここでは炭素原子です。 プリンシブルBSDF 以外を選ぶとパワポ上でマテリアルが反映されない場合があるので注意してください。 （わたしはここで行き詰まって数日を溶かしました） 次に、同一...

日付は撮影日です 最終更新日：2022.03.20 *** ヤマザキ 檸檬風味豊かなレモンパン 2018.04.24 Pasco マンゴーメロンパン 2018.07.23 Pasco ほうじ茶香る栗のメロンパン 2018.10.10 ミニストップ プリン風味メロンパン 2018.11.29 Pasco スカイベリーいちごのメロンパン 2018.12.04 ミニストップ こだわりのメロンパン（ベルギーチョコ入りクリーム） 2019.02.07 第一パン コーヒーメロンパン 2019.09.25 ヤマザキ マシュマロメロンパン 2019.10.08 ミニストップ ブラックチョコチップメロンパン 2019.11.22 Pasco ホイップメロンパンチョコ 2019.12.13 ミニストップ 黒蜜きなこnaメロンパン 2019.12.17 ヤマザキ いちごメロンパン 2020.01.04 Pasco 赤い苺のメロンパン 2020.01.06 Pasco エスプレッソメロンパン 2020.02.07 セブンイレブン チョコクリームのメロンパン 2020.02.14 ヤマザキ おさつメロンパン 2020.02.20 第一パン さくらメロンパン 2020.02.22 フジパン パインメロンパン 2020.06.21 ミニストップ メロンパン（北海道産マスカルポーネチーズのクリーム） 2020.07.21 NewDays プリンメロンパン 2020.08.08 Pasco ホイップメロンパン阿蘇ジャージー牛乳 2020.08.26 ヤマザキ おさつメロンパン 2020.08.29 Pasco キャラメル味わうくるみのメロンパン 2020.09.30 第一パン コーヒーメロンパン 2020.09.30 eatime めろんぱんの中にお豆！五色めろんぱん 2020.11.22 ローソン はみでる板チョコメロンパン 2020.12.01 フジパン とちおとめ苺メロンパン 2021.01.10 セブンイレブン 生チョコ仕立てのメロンパン 2021.03.14 平和堂 苺メロン 2021.03.16 キンキパン 元祖メロンパン白あん 2021.03.16 第一パン ミルメークいちご味メロンパン 2021.05.03 Pasco 宇治抹茶とホワイトチョコのメロンパン 2021.04.08 ヤマ...